При первом запуске современного GNOME (2.22+) следует запустить gconf-editor и убедится что выполнены следующие установки:

Apps -> Nautilus -> Desktop -> computer_icon_visible = off
                            -> home_icon_visible = off
                            -> network_icon_visible = off
                            -> trash_icon_visible = off
                            -> volumes_visible = off
                 -> Preferences -> always_use_browser = on
                                -> confirm_trash = on
                                -> enable_delete = on
                                -> media_automount = off
                                -> media_automount_open = off
                                -> media_autorun_never = on